Podczas drugiej wojny na polecenie Niemców nagrobki użyto do prac budowlanych i rozebrano mur. 9 października 1964 r. Minister Gospodarki Komunalnej - procedując uchwałę Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Kałuszynie - podpisał zarządzenie o zamknięciu cmentarza. W dołączonej dokumentacji podano: "przy ul. Pocztowej o pow. 0,91 ha, nieczynny od około 60 lat, zupełnie zdewastowany (bez śladu), pozostaje bez opieki". W kolejnych latach teren został zabudowany, wzniesiono na nim m.in. budynek obecnego Urzędu Miasta. W wyniku zniszczeń wszystkie naziemne ślady cmentarza uległy zatarciu. Brak ogrodzenia, granice są nieczytelne. Brak jakiejkolwiek formy upamiętnienia. Właścicielem terenu jest Gmina Kałuszyn. Obiekt nie jest wpisany do gminnej i wojewódzkiej ewidencji zabytków oraz do rejestru zabytków nieruchomych.

Drugi cmentarz żydowski w Kałuszynie jest położony między ulicami Warszawską i Martyrologii, zajmuje działką na nieregularnym planie, o powierzchni 3,53 lub 3,96 ha. Brak informacji o dacie założenia - cmentarz powstał przypuszczalnie na przełomie XIX i XX wieku. Część działki przewodniczący gminy żydowskiej Rubin Michelson odstąpił miejscowej parafii na założenie tzw. nowej części cmentarza katolickiego.

W latach drugiej wojny światowej cmentarz stał się miejscem egzekucji, m.in. w 1941 r. Niemcy rozstrzelali na nim 12 Żydów, a we wrześniu 1942 r. zamordowali od kilkuset do około tysiąca osób. Dawid Pelner tak wspominał cmentarz z tamtych lat: "Były tu trupy dzieci, starców, kobiet i mężczyzn. Zapach zwłok był nie do zniesienia". W protokole z 27 września 1945 r. stwierdzono: "Na nowym cmentarzu żydowskim w Kałuszynie znajdują się ślady dwóch grobów masowych długości 40 m, szerokości 2 m. Cmentarz jest przez okupanta zupełnie zniszczony. Egzekucji dokonali żandarmi niemieccy i pozostający na ich służbie Ukraińcy. Stracili ponad 1650 osób narodowości żydowskiej. Przy czym egzekucja odbywała się w ten sposób, że robotnicy kopali doły, nad które żandarmi sprowadzali po 150 Żydów. Żydom kazano kłaść się wzdłuż rowu twarzą w dół, a następnie strzelano w tył głowy. Pomordowanych wrzucano do rowu bezładnie, a niektórym zagrzebywanym żandarmi ściągali ubrania". Na cmentarzu znajduje się również zbiorowa mogiła około 20-30 Żydów (m.in. Joska Radzyńskiego) zamordowanych między 1942 a 1943 r. Niewykluczone, że ostatnie pochówki miały miejsce w latach 1945-1946, w następstwie mordów dokonanych w Kałuszynie i okolicach na ocalałych Zagłady (dwie osoby zabite w 1945 r. pochowano w Mińsku Mazowieckim).

Podczas wojny rozpoczął się proces dewastacji, który kontynuowano w kolejnych dekadach. Z cmentarza usunięto wszystkie nagrobki i rozebrano ogrodzenie. Część terenu zajęła droga gruntowa. 9 października 1964 r. Minister Gospodarki Komunalnej podpisał zarządzenie o zamknięciu cmentarza. W dołączonej dokumentacji podano: "pow. 3,96 ha, nieczynny od 1943 r., zaniedbany i pozostaje bez opieki".

W 1979 r. lokalne władze planowały przeznaczenie cmentarza "do zagospodarowania rolniczego", w 1983 r. - na boisko. W 1987 r., po rozmowach Urzędu Wojewódzkiego w Siedlcach ze Związkiem Religijnym Wyznania Mojżeszowego, Urząd Miasta i Gminy w Kałuszynie w ramach Tygodnia Obywatelskiego Czynu Społecznego doprowadził do częściowego uporządkowania cmentarza. W tym czasie UMiG planował zalesienie, ogrodzenie i upamiętnienie cmentarza. Prac nie wykonano ze względu na brak funduszy. W kolejnych latach rozważano różne projekty wykorzystania cmentarza, przeciwko którym protestował ZRWM. Po przeprowadzeniu rozmów z najstarszymi mieszkańcami Kałuszyna (w tym córką dawnego grabarza) ustalono, że cały teren, za wyjątkiem pasa od strony ul. Warszawskiej, był wykorzystywany do celów grzebalnych. W 1992 r. i 1995 r. Urząd Wojewódzki w Siedlcach zażądał od UMiG w Kałuszynie zachowania cmentarza w stanie nienaruszonym. W 1990 r. ks. Czesław Bednarczyk umieścił jeden nagrobek - stelę z grobu Sary Weissenblum, zmarłej 20 października 1935 r. - przy wejściu do kościoła w Kałuszynie. Kilka innych nagrobków zabezpieczono w skansenie przy Szkole Podstawowej w Groszkach Nowych.

W 2014 r. lokalni urzędnicy zamierzali pokryć asfaltem polną drogę biegnącą przez cmentarz. Inwestycję wstrzymano po proteście Komisji Rabinicznej do spraw Cmentarzy.